24 đội tham dự vòng loại được chia làm 3 bảng đấu cụ thể như sau:

• Bảng A: do Trung tâm bóng đá Viettel nhận đăng cai làm bảng trưởng có 8 đội đăng ký tham dự gồm: Viettel, Hà Nội, Nam Định, Quảng Ninh, Thanh Hoá, Trẻ bóng đá Hà Nội, Trung tâm bóng đá Hải Phòng và Xi Măng The Vissai Ninh Bình.
• Bảng B: do Câu lạc bộ Hoàng Anh Gia Lai nhận đăng cai làm bảng trưởng có 8 đội đăng ký tham dự gồm: Hoàng Anh Gia Lai, Bình Định, Hà Tĩnh, Khatoco Khánh Hoà, QNK Quảng Nam, Sông Lam Nghệ An, TP.Hồ Chí Minh và T&T VSH.
• Bảng C: do Sở Văn Hóa - Thể thao và Du lịch Tây Ninh nhận đăng cai làm bảng trưởng có 8 đội đăng ký tham dự gồm: Tây Ninh, An Giang, Bến Tre, Cà Mau, Tập đoàn Cao Su Đồng Tháp, Long An, TDC Bình Dương và Tiền Giang.

Tại mỗi bảng đấu, các đội thi đấu vòng tròn tính điểm xếp hạng chọn hai đội đứng Nhất và Nhì mỗi bảng đấu vào chơi vòng chung kết.

Vòng chung kết giải bóng đá U17 QG - Báo Bóng đá Cúp Thái Sơn Nam 2012 sẽ có sự tham dự của 8 đội bóng. Ngoài 6 đội vượt qua vòng bảng còn có sự tham dự của 2 đội bóng được ưu tiên miễn thi đấu vòng loại là SHB Đà Nẵng (đương kim vô địch) và Huế (chủ nhà đăng cai Vòng chung kết).

Sau khi kết thúc vòng loại, căn cứ vào thành tích của các đội, Ban tổ chức sẽ chia 8 đội thành hai nhóm A và B thi đấu vòng tròn mỗi lượt ở mỗi nhóm để tính điểm xếp hạng. Hai đội dẫn đầu mỗi nhóm sẽ giành vé vào chơi hai trận bán kết. Hai đội thua bán kết đồng xếp hạng Ba, hai đội thắng bán kết sẽ vào chơi trận chung kết của giải.

Hai trận bán kết và trận chung kết sẽ thi đấu theo thể thức loại trực tiếp. Nếu sau thời gian thi đấu chính thức (90 phút) mà tỷ số hoà, hai đội sẽ thi đá luân lưu 11m để xác định đội thắng ở các lượt trận trên[2].